
De aartsvijand van Shadow, Black Doom, probeert de wereld over te nemen. Om hem te kunnen verslaan, moet Shadow naar het verleden reizen en pijnlijke herinneringen confronteren. Hierdoor kan hij nieuwe, donkere krachten verkrijgen, die hij nodig heeft om de wereld te kunnen redden. In Sonic X Shadow Generations speel je als Shadow en surf je over water, vlieg je over obstakels heen en gebruik je de speciale kracht Chaos Control om de tijd te stoppen.